Сервету предложили оставить подобные вольности и излагать учение, одобренное церковью. От магистра и доктора ждали смирения, а он выпустил язвительный памфлет, в котором обрушился на невежд в науке, назвав их «заразой мира». Парижский парламент потребовал изъять памфлет М. Виллановы, а от него самого — публично извиниться за свое дерзкое сочинение. Но Сервет не стал извиняться, и потому ему пришлось покинуть Париж.
Он поселился в небольшом городке Шалье, расположенном неподалеку от Лиона, а потом перебрался во Вьенн, где ему была предоставлена частная практика.
В этом городе Сервет прожил 12 лет, и десять из них были отданы работе над сочинением «Восстановление христианства», в котором он развил идеи своего юношеского трактата «Об ошибках учения о Троице». Он категорически отрицал учение о Святой Троице, обличал протестантов, которые оправдывали веру, не связанную с добрыми делами; славил «милосердие, поднимающее человека до божества — вечное по своему характеру и способствующее достижению будущего века».
Что же касается споров между католиками и протестантами, то они беспочвенны, так как заблуждаются и те, и другие. Надо говорить о такой религии, которая не совершала бы насилия над разумом, не сковывала бы творческие силы человека, давала бы ученым возможность свободно изучать природу[16] [В «Восстановлении христианства» Сервет впервые описал и малый круг кровообращения. Однако приоритет этого открытия неоднократно оспаривался различными исследователями, которые считали автором его совсем других людей].
В устройстве римской церкви Сервет видел одни только недостатки и злоупотребления и в ветхозаветной истории находил много примеров, служивших ее прообразом: развращенный Вавилон, Содом и Гоморра, царствование Антиоха и Иеровоама, которые довели 10 колен Израилевых до идолопоклонства; царствование Навуходоносора, разорившего Святой город Иерусалим, и т. д. После такой критики католической церкви Сервет отверг значение ее обычаев и постановлений, однако много недостатков находил он и в протестантской церкви.
По его мнению, она тоже удалилась от первоначальной церкви апостольской, но особенно укорял он реформаторов за презрение добрых дел.
Римский папа для Сервета был большим грешником, чем первый человек Адам, потому что последний наказан временно, тогда как папа будет вечно гореть в аду. Отрывки из своего «Восстановления христианства» Сервет отправил Ж. Кальвину.
