Через несколько дней его, как еретика, отправили в Рим для суда и следствия. Так Т. Кампанелла впервые увидел решетку на окне и несокрушимую дубовую дверь. Оказавшись в заключении в первый раз, он повел себя так, как испокон веков делают внезапно схваченные люди, не знающие за собой никакой вины: стучал в дверь и требовал, чтобы ему сказали, в чем его обвиняют. Но ответом были молчание и неизвестность — испытанный прием святой инквизиции.
Наконец Т. Кампанеллу повели на допрос, где потребовали, чтобы он признал свою вину сам.
Но молодой мыслитель не знал за собой никакой вины, как и причины, по которой его заточили в тюрьму. И тогда его спросили, каким образом он в свои годы знает то, чему его не учили и учить не могли. На это Т. Кампанелла ответил: „Я сам с молодых лет чувствовал тягу к наукам и стремился узнать как можно больше. Если мне чего-нибудь не могли объяснить учителя, старался найти ответ сам“.
В тюрьме Неаполя ученый провел почти год. Днем в камере было нестерпимо душно, ночью — сыро; у него заболели суставы, от плохой пищи начали расшатываться зубы.
Не один раз его мучили приступы лихорадки, но врача и лекарств узникам не полагалось. Иногда, правда, ему давали бумагу, и Т. Кампанелла писал, стараясь выражаться как можно осторожнее и туманнее, чтобы его не обвинили в ереси. На этот раз дело для молодого монаха закончилось более или менее благополучно: после освобождения ему предписывалось покинуть Неаполь и жить у себя на родине в одной из самых отдаленных обителей.
Но Т. Кампанелла решил сначала отправиться в Рим, потом появляется то в одном, то в другом городе Италии, а в 1593 году он оказался во Флоренции, где правительство тосканского герцога предложило ему преподавать в университете. Однако по пятам Т. Кампанеллы шли иезуиты, и их нашептывания испортили ему репутацию. Из Флоренции ученый направился в Венецию, потом в Падую, где поселился в монастыре Святого Августина. Здесь он по памяти восстановил свои сочинения, которые у него еще в Болонье отобрал и отправил в инквизицию настоятель доминиканского монастыря.
Изучив рукописи Т. Кампанеллы, инквизиция организовала два процесса против вольнодумца. На этот раз он подвергся следствию вместе с известным медиком того времени Д. Кларио и неким О. Лонго. Т. Кампанеллу обвинили в оскорблении генерала Ордена иезуитов, в авторстве сочинения „О трех обманщиках“ и еще в том, что он не донес на еретика, отрицавшего Иисуса Христа как Спасителя.
