Когда восстание было разгромлено, он переоделся матросом и по льду добрался до Кронштадта, намереваясь оттуда с подложными документами отправиться на Толбухинский маяк. Но в Кронштадте Н. А. Бестужева арестовали и препроводили в Петербург.
На допросе свое участие в восстании он объяснил горячим желанием добра Отечеству, считал данный момент подходящим для достижения цели, чтобы предъявить требования, покуда не принял присягу. Перед отправкой в Читу Н. А. Бестужев содержался в Шлиссельбурге в 1826–1827 годах.
Иван Иванович Пущин в самый день восстания заболел, но, когда на Сенатской площади выстроился Московский полк, он тоже встал в каре возле памятника Петру I. Рассказывали, что он выглядел ""всех бодрее"" и, несмотря на его штатскую одежду, ""солдаты охотно слушали его команды"". Площадь он покинул одним из последних, бежать не думал, считая постыдным скрываться от участи, которая уже постигла некоторых его товарищей."
"И. И. Пущина арестовали 16 декабря в доме отца, связали ему руки и в сопровождении фельдъегеря и двух жандармов привезли в Зимний дворец.
Лично допросив его, император приказал посадить ""злодея"" в Алексеевский равелин. В камере № 5 стояла кровать ""с госпитальным одеялом"", стол с кружкой, на которой были вырезаны буквы ""А"" и ""Р"". Окно, замазанное белой краской, почти не пропускало света, день и ночь чадила тусклая лампа. С узника сняли его одежду и выдали тюремный халат и арестантские туфли.
Следственному комитету И. И. Пущин не давал пространных ответов, держался независимо и с достоинством, позволял себе ""дерзкие замечания"", холодно предлагал чиновникам ""быть скромнее"" в своем любопытстве, никого из товарищей не выдал.
Верховный уголовный суд обвинил И. И. Пущина в том, что он ""участвовал в умысле на цареубийство одобрением выбора лица, к тому предназначенного; участвовал в управлении Общества, принимал членов и давал поручения, лично действовал в мятеже и возбуждал нижних чинов"".
Осужденного по первому разряду, его приговорили к смертной казни через отсечение головы, которую потом заменили ссылкой в каторжные работы сроком на 20 лет.
Но прежде чем отправить в Сибирь, его заключили в Шлиссельбург.
30 июля 1826 года, с трудом выйдя из повозки, И. И. Пущин и А. Пестов увидели пустынный берег, массивные стены и толстые башни крепости. И. И. Пущина поместили в одну из камер Секретного дома, где он очень сдружился с оказавшимся по соседству Н. А. Бестужевым.
