И Фиораванти часто замечал, что в работе ему разные препоны и мелкие гадости делали не из личной неприязни, а просто потому, что он был иноверец.
Однажды при великокняжеском дворце произошел кровавый инцидент: иностранного врача, не сумевшего вылечить проживавшего в Москве татарского хана Каракучу, обвинили в злонамеренном отравлении, жестоко пытали, а потом по повелению Ивана III зарезали на Москве-реке. На итальянца это произвело такое гнетущее впечатление, что он решил уехать тайком, но попытка эта кончилась для него бедой.
Софийская летопись сообщает, что Фиораванти «боялся того же, начал проситися у великого князя в свою землю; князь же великий пойма его и ограбив, посадил на Онтонов дворе»."
"Казнь немца-лекаря и опала А. Фиораванти относятся к зиме 1484 года. Итальянский мастер стал узником и сидел на Антоновом дворе (дворе Антона Фрязина). Имущество его отобрали в казну, возможно, именно тогда погибли и строительные чертежи зодчего, а также его математические расчеты, рукописи, письма из Италии и личные записки.
За мастера усердно хлопотала партия великой княгини, и спустя несколько месяцев, Иван III сменил гнев на милость, так как Аристотель Фиораванти был по-прежнему очень нужным человеком для Москвы. Детищем итальянского зодчего стал и подземный Кремль, сочетавший в себе качества оборонного объекта, пожарного укрытия и сверхнадежного сейфа для царских сокровищ. В одном из подземных казематов, по преданию, впоследствии были укрыты книги из библиотеки Ивана Грозного.
В 1485 году, в возрасте 70 лет, Фиораванти ушел с московским князем в поход на Тверь. Как в свое время под Новгородом, так и сейчас гремели отлитые им пушки, только сейчас их было. Намного больше: мастер из Болоньи командовал под Тверью всей артиллерией царя Ивана. После 1485 года сведения об итальянском зодчем исчезают: он мог погибнуть в Тверском походе, мог по возвращении жить, помогая молодым мастерам… Однако есть версия, что Фиораванти был заперт в одном из кремлевских тайников, где смог убедиться в достоинствах сооруженной им темницы.
Наказание не соответствовало «вине» престарелого Фиораванти, и, скорее всего, его можно отнести к очередной смене настроения великого князя.
Первые месяцы заточения Фиораванти бушевал в бессильной злобе, проклинал неблагодарного царя и угрожал тюремной страже чуть ли не войной, которую император Священной Римской Империи объявит Москве за обиду, нанесенную итальянцу.
