Второй прорыв произошел на вильнюсском направлении, в полосе 11-й армии. Расположение советских частей на вильнюсско-каунасском направлении утром 22 июня было типичным для приграничных армий. Из состава 5, 33, 188 и 126-й стрелковых дивизий на границе находилось по одному полку, из состава 23-й стрелковой дивизии — два батальона. Этой завесе противостояли XXVIII, II, V, VIII и XX армейские корпуса немецких 16-й и 9-й армий, а также XXXIX и LVII моторизованные корпуса 3-й танковой группы. Стоявшие на границе советские стрелковые полки были атакованы, по меньшей мере, двумя пехотными дивизиями каждый.
Методика наступления немецких танковых групп в первые дни войны с СССР напоминала принцип действия проходческого щита. При прокладке тоннелей ножевое кольцо щита вдавливают в грунт, а затем выбирается ограниченный кольцом цилиндр грунта. Немецкие танковые группы наступали двумя моторизованными корпусами на флангах своего построения и армейским корпусом в центре. Танковые соединения пробивались в глубину обороны, а наступавшая в центре пехота перемалывала оказавшегося между двумя глубокими вклинениями противника.
Такое построение позволяло рационально использовать дорожную сеть и повышало устойчивость к контрударам — внешние фланги моторизованных корпусов разделяло приличное расстояние. Перерубить «проходческий щит» фланговыми ударами было нетривиальной задачей.
В ограниченном пространстве в Прибалтике построение «проходческим щитом» не применялось, а все остальные танковые группы (3, 2 и 1 — я) строились именно так.
Внешние фланги 3-й танковой группы образовывали XXXIX и LVII моторизованные корпуса, а центр — пехота V армейского корпуса. Острие удара XXXIX моторизованного корпуса было нацелено на переправу через Неман у Алитуса, а 12-я танковая дивизия LVII корпуса двигалась к переправе через ту же реку у Меркине.
Эскадры германских бомбардировщиков готовы к вылету.
XXXIX корпус должен был пробиваться к Алитусу силами 7-й танковой дивизии, прикрываясь с севера (с левого фланга) 20-й танковой дивизией, а с юга (с правого фланга) — 20-й моторизованной дивизией.
Такое построение выдает некоторые опасения командования 3-й танковой группы. Сильное фланговое прикрытие должно было обезопасить ударную группировку от контрударов советских стрелковых и танковых частей. Также следует отметить, что значительная часть подвижных соединений танковой группы Гота еще оставалась позади. Своего часа ждали 19-я танковая дивизия, 14-я и 18-я моторизованные дивизии.
