Однако перед лицом всеобщего гражданского неповиновения, поддержанного решениями Высочанского съезда, и того факта, что президент Свобода категорически отказался узаконить предполагаемое правительство, Москва изменила свои намерения и пришла к выводу о необходимости договориться с законным чехословацким руководством.
23 августа в Москву вылетел Свобода вместе с вице-премьером Густавом Гусаком. 25 августа с Дубчеком и его товарищами начались переговоры, и 26 августа они завершились подписанием так называемого Московского протокола из 15 пунктов («Программа выхода из кризисной ситуации»), в целом на советских условиях.
Протокол предполагал непризнание законности XIV съезда, сворачивание демократических преобразований и пребывание в Чехословакии постоянного контингента советских войск (только после этого режим военной оккупации снимался).
Дубчек смирился с необходимостью подписания протокола, фактически ликвидировавшего завоевания «Пражской весны» и ограничивавшего суверенитет Чехословакии, видя в этом необходимую цену за предотвращение кровопролития.
Из этого же исходили президент Свобода, прибывший в Москву и энергично настаивавший на подписании соглашения, и член чехословацкой делегации Густав Гусак, открыто перешедший на сторону Москвы и впоследствии за это назначенный генеральным секретарем ЦК КПЧ. Из всех членов «чехословацкой делегации» (как официально стала называться эта группа) подписать протокол отказался только Франтишек Кригель.
За это его попытались задержать в СССР, но Дубчек и другие члены делегации отказались вылетать без него, и Кригель был спешно доставлен в аэропорт к самолету.
События «Пражской весны» стали поводом для обвинения в их организации евреев (и в частности сионистов) — как внутри Чехословакии, так и в других странах. В документе «Уроки кризисного развития в Компартии Чехословакии…», принятом на пленуме ЦК КПЧ в декабре 1970 года, прямо указывалось на то, что главными силами контрреволюции были силы, активно выступавшие с позиции «сионизма, как одного из инструментов международного империализма».
Среди самых видных евреев-сионистов назывались Ф. Кригель, И. Пеликан, А. Лустиг. Это также подтолкнуло руководство ЦК Польской рабочей партии во главе с Владиславом Гомулкой к массовой депортации евреев из Польши, которая была проведена с молчаливого согласия советского руководства.
