Первые полтора года нового царствования были для Аракчеева триумфальным шествием по пути непрерывных служебных возвышений. 6 ноября 1796 г. скончалась Екатерина, а 7 ноября Аракчеев был назначен комендантом Петербурга, 8 ноября — произведен в генерал-майоры, 9 ноября — назначен комендантом сводного гренадерского батальона Преображенского полка, 13 ноября ему пожалована аннинская лента; 12 декабря он получил от Павла в дар столь знаменитую впоследствии Грузинскую волость в Новгородской губернии. Наконец, в апреле 1797 г.
он получает титул барона и назначается генерал-квартирмейстером всей армии. Ему была отведена квартира во дворце, в покоях гр. Зубова. Аракчеев праздновал свое возвышение тем, что давал полную волю своему грубому властолюбию. Он неистовствовал на разводах, кичился своим могуществом перед другими сановниками и наводил панику на весь военный мир повальным исключением из службы всех, кто был замечен в малейшей неисправности. Эта строгость имела известные основания. В последние годы екатерининского царствования в военном управлении так же, как и других областях администрации, развелась страшная запущенность и распущенность и материала для чистки и суровых взысканий накопилось немало.
Но на действиях Аракчеева лежала печать какой-то кичливости всемогуществом, грубостью, презрением к ничтожности всех людей, кроме него самого. Попытки упорядочения военного управления получали в его руках характер самодурства, в котором чувствовалось стремление не столько к пользе дела, сколько к утолению своего самовластия; потому даже и разумные мероприятия сплошь и рядом были испорчены в его руках бесцельным издевательством над подчиненными ему людьми.
На этом поприще он вскоре зарвался настолько, что сам внезапно подпал под гнев государя, и в начале 1798 г. общество вдруг было ошеломлено известием о том, что всемогущий Аракчеев уволен без прошения в чистую отставку. Расточая направо и налево грубую брань и даже пощечины и удары тростью, Аракчеев позволил себе обругать позорнейшими словами подполковника Лена, сподвижника Суворова и георгиевского кавалера.
Лен немедленно застрелился. Это обстоятельство и решило судьбу Аракчеева, так как Лен был лично известен императору Павлу. Эта первая опала Аракчеева длилась полгода. 11 августа 1798 г. он снова был принят на службу, восстановлен в прежних должностях и, кроме того, в начале 1799 г. назначен инспектором всей артиллерии, пожалован орденом Иоанна Иерусалимского с командорством, и наконец, 5 мая 1799 г.