Яннай, стоявший на позициях саддукеев (храмовых священников), не принимал Устного Закона фарисеев и запрещал народу следовать ему. Со своей стороны, фарисеи не признавали его права ни на царство, ни на первосвященство. Неприязнь фарисеев к нему возросла еще больше, когда Яннай, первым из Хасмонеев, стал использовать титул царя не только в отношениях с соседями, как это делал Аристобул I, но и внутри страны. Еще одной причиной для недовольства стали частые военные походы царя. Фарисеи обвиняли Янная в том, что он без всякой нужды подвергает опасности свободу и независимость Иудеи, добытые их предками такой дорогой ценой.
Основанием для подобных обвинений послужила осада эллинистического города Птолемаида (Акко), представлявшего тогда мощную крепость-порт на средиземноморском побережье. Оказавшись не в состоянии противостоять войскам Янная, жители города обратились за помощью к Птолемею Латуру, властвовавшему над Кипром и имевшему сильные армию и флот. Птолемей высадился с большими силами в Иудее и нанес большой урон армии Янная.
В свою очередь, Яннай, пользуясь враждой внутри династии Птолемеев, заключил союз с матерью Птолемея – Клеопатрой III, правившей тогда Египтом, и пригласил ее армию воевать вместе с ним против ее взбунтовавшегося сына. В конечном счете и жители Птолемаиды, и иудейский царь горько пожалели, что связались с Птолемеями. Птолемей Латур, вместо того чтобы защищать призвавший его на помощь город, сам взял его штурмом и разграбил. Что касается его матери, Клеопатры III, то и она, приглашенная в качестве союзницы, решила захватить Иудею.
Войну между «союзниками» предотвратило лишь предупреждение египетских евреев: они командовали армией птолемеевского Египта и составляли ее элитные части, являвшиеся опорой Клеопатры. Только опасения потерять поддержку преданных ей иудейских воинов заставили египетскую царицу отказаться от своих вероломных планов.
Между тем нараставшая конфронтация между фарисеями и Александром Яннаем в конечном счете привела к гражданской войне в Иудее, которая продолжалась не менее шести лет (94–88 гг.
до н. э.). Поводом к восстанию против царя послужил его неудачный поход против набатейцев (потомков мидьянитян – западносемитских кочевых племен). Вероятно, к сторонникам фарисеев присоединилась часть как иудейской аристократии, так и храмовых священников, не признававших прав Хасмонеев на царский престол и первосвященство. В ходе братоубийственной войны погибло не менее 50 тысяч иудеев.
