Ванникова, в состав которого вошли два доверенных лица главы Спецкомитета генералы А.П. Завенягин и В.А. Махнёв, а также крупнейшие советские физики — академики и член-корреспонденты АН СССР В.Г. Хлопин, А.И. Алиханов, А.Ф. Иоффе, П.Л. Капица, И.В. Курчатов, И.К. Кикоин и Ю.Б. Харитон, и 2) Инженерно-технический совет под председательством наркома химической промышленности М.Г. Первухина, членами которого были утверждены нарком транспортного машиностроения В.А. Малышев, заместитель наркома внутренних дел А.
П. Завенягин, заместитель наркома электропромышленности Г.В. Алексенко, заместитель наркома химической промышленности А.Г. Касаткин и учёный секретарь ИТС (а затем и всего НТС) Б.С. Поздняков.
Непосредственное руководство всеми научно-исследовательскими, проектными и конструкторскими бюро, организациями и промышленными предприятиями, решавшими атомную проблему, осуществляло Первое Главное управление (ПГУ) при ГКО (а затем СНК СССР), также созданное специальным распоряжением ГКО от 20 августа 1945 года № 9887сс/оп «О Специальном комитете при ГКО, учреждаемом для руководства всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана».
Руководителем ПГУ был назначен знаменитый сталинский нарком генерал-полковник Борис Львович Ванников, освобождённый от обязанностей народного комиссара боеприпасов. Помимо него в руководящий состав ПГУ вошли пять его заместителей, в том числе заместитель наркома внутренних дел СССР Авраамий Павлович Завенягин, который курировал работу спецконтингента; заместитель председателя Госплана СССР Николай Андреевич Борисов, отвечавший за исполнение всех работ, связанных со снабжением и финансированием атомного проекта; заместитель начальника Главного управления контрразведки (СМЕРШ) НКО СССР Павел Яковлевич Мешик, отвечавший за режим секретности всех работ и охрану всех промышленных объектов, заместитель члена ГКО Пётр Яковлевич Антропов, отвечавший за разведку и добычу запасов урановых и ториевых руд на территории Советского Союза и стран Восточной Европы, и заместитель наркома химической промышленности СССР Андрей Георгиевич Касаткин, курировавший соответствующие работы по предприятиям своей отрасли.
Окончательно структура и штат ПГУ были сформированы Б.Л. Ванниковым и утверждены на заседании Специального комитета за подписью Л.П. Берии 24 августа 1945 г.
