В состав этого управления входила Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР полковника М.Ф. Орлова, из состава которой формировались небольшие мобильные разведывательно-диверсионные отряды, забрасываемые в тыл врага, которые затем, как правило, превращались в крупные партизанские отряды, бригады и соединения. Первоначально на вооружении у партизан было, в основном, легкое огнестрельное оружие — автоматы, ручные пулеметы, винтовки и карабины, однако затем многие отряды и соединения обзавелись минометами и станковыми пулеметами, а ряд из них — даже полевой артиллерией.
Все лица, вступавшие в партизанские формирования, принимали особую партизанскую присягу, а в самих отрядах устанавливалась строгая воинская дисциплина, нарушение которой каралось по законам военного времени
В мае 1942 г. под эгидой Ставки ВГК был создан Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД), который возглавил первый секретарь ЦК компартии Белоруссии генерал-лейтенант П.К. Пономаренко. В структуре ЦШПД были два отдела.
Разведотдел ЦШПД отвечал за работу по установлению новых войсковых соединений противника, прибывающих на фронт, перегруппировок войск, состояния и работы коммуникаций противника, контроля за его мероприятиями по подготовке защитных и оборонительных рубежей, дислокации и перебазированию аэродромов и складов боеприпасов, численностью и боеспособностью полевых и охранных частей, а также политико-экономическим положением на оккупированной территории СССР. Оперативный отдел ЦШПД руководил боевой деятельностью партизанских соединений как через соответствующие штабы партизанского движения, так и напрямую.
Кроме того, Оперативный отдел занимался созданием рейдовых партизанских соединений и отрядов, засылкой организаторских и диверсионных групп и переформированием партизанских соединений, определял им новые районы деятельности и ставил им боевые задачи, а также занимался контролем выполнения приказов начальника ЦШПД.
В оперативном отношении ЦШПД подчинялись все республиканские и областные штабы партизанского движения, которые возглавлялись секретарями или членами ЦК компартий союзных республик, крайкомов, обкомов, горкомов и райкомов партии.
В частности, Украинский штаб партизанского движения возглавил кадровый чекист, зам. главы НКВД УССР генерал-майор Т.А. Строкач, Белорусский штаб партизанского движения — секретарь ЦК компартии Белоруссии генерал-майор П.З. Калинин, а Литовский штаб партизанского движения — первый секретарь ЦК компартии Литвы А.Ю.
