По словам современников, он начал «стоять высоко и ездить широко». Он любил проявлять свою мощь, требовал почтения и повиновения ото всех, скоро и жестоко наказывал ослушников. «Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен? — говорил Никону один из его прежних друзей. — Государевы царевы власти уже не слыхать, от тебя всем страх и твои посланники пуще царских всем страшны!» Хотя Никон деятельно управлял церковными делами и устроил для церкви и духовенства много полезного, однако духовенство не любило его за его властолюбие и крутой нрав.
Не любили его и придворные. Они должны были поневоле терпеть его вмешательство в государственные дела и его высокомерное отношение к боярам; но они хорошо понимали, что Никон пользуется таким значением не по праву, а только по государевой любви и милости. Естественно было среди придворных желание отнять у патриарха эту милость, а вместе с тем уничтожить его влияние и силу. Поэтому против Никона легко возникали интриги; против него была настроена даже царская семья.
Понемногу и сам царь начал освобождаться от слепого подчинения Никону. Этому много содействовали путешествия молодого царя в Литву и Ливонию на театр войны. Во время походов он увидел много нового как на Руси, так и за границею. Он возмужал, развился и приобрел некоторую самостоятельность ума и характера. Выйдя из-под влияния привычной московской обстановки, он сознательнее стал относиться к московским делам и людям; ему стало не нравиться открытое величание Никона.
Правда, царь Алексей не изменил сразу дружественного обращения с патриархом; однако между ними стали происходить короткие размолвки, и царь не раз сердился на патриарха за его самовольство. С течением времени эти размолвки становились чаще и сильнее. Наконец, в 1658 г. последовал окончательный разрыв дружеских отношений. Никона перестали призывать во дворец на придворные торжества и церемонии. Однажды во время такой церемонии у дворца побили палкою посланного Никоном во дворец патриаршего чиновника.
Виновный в этом (окольничий Хитрово) остался без наказания; мало того, на жалобы Никона по поводу этого дела царь прислал ему сказать, что сам он гневен на патриарха за то, что тот держит себя самовластно и именуется «великим государем». Получив такое извещение от царя, не желавшего лично видеться с патриархом, Никон решил оставить патриаршество на Москве. Отслужив последний раз литургию в Успенском соборе (10 июля 1658 г.
