Убедившись в этом, Никон начал церковное исправление в этом духе, причем действовал со свойственным ему самовластием и крутостью. Он личною властью своею стал предписывать «новшества»: уменьшил число земных поклонов за молитвою «Господи и Владыко живота моего»; требовал, чтобы иконы писались по греческим образцам; требовал, чтобы крестились тремя перстами, как было у греков. В то же время книжное исправление пошло очень спешно и совершалось под руководством греков и киевских ученых монахов. Самовластие патриарха, его торопливость и явное предпочтение, какое он оказывал чужим «справщикам», вызвали большое неудовольствие у патриотов Вонифатьевского кружка.
Сам Вонифатьев в этом деле остался в стороне; но протопопы Аввакум и Иван Неронов при первых же распоряжениях Никона стали протестовать. «Мы же задумалися, сошедшеся между собою (говорил Аввакум); видим, яко зима хощет быти: сердце озябло и ноги задрожали». Посоветовавшись, они подали царю жалобу на Никона, и притом не только на его отдельные распоряжения, но вообще на его направление, по их мнению, неправославное и ненародное.
Никон очень разгневался на своих старых приятелей и нашел случай удалить их из Москвы (сослав Аввакума в Тобольск, а Неронова в Вологодский край). Но их протест не остался без влияния на дальнейший ход исправлений.
Патриарх понял, что лучше действовать соборным приговором, чем личною властью. В 1654 г. он созвал в Москве собор московского духовенства и представил ему на утверждение все предположенные им исправления.
Собор их одобрил и утвердил. Лишь один архиерей (епископ Павел Коломенский) решился не вполне согласиться с соборным приговором. Никон лишил его сана и заточил. Но его противоречие показало Никону, что авторитета местного русского собора недостаточно для того, чтобы добиться беспрекословного повиновения его мерам. Поэтому Никон тотчас же после собора в 1654 г. обращается к восточным патриархам с просьбою рассмотреть на соборе дело исправления московских богослужебных книг и обрядов и дать ему свое одобрение.
В следующем году (1655) Цареградский патриарх прислал в Москву свой ответ, от имени всей Греческой церкви одобряя и утверждая все намеченные Никоном исправления. Таким образом, реформа, начатая Никоном единолично, постепенно получила характер междуцерковный, стала совершаться с благословения и одобрения как бы всей православной Греко-русской церкви.
