Начались ссоры и интриги. Боярин А.С.Матвеев, стоявший тогда во главе всех дел, был оклеветан перед царем и сослан на далекий север (в Пустозерск); Нарышкины же были удалены от царя. Милославские думали получить после этого влияние и власть. Но вышло так, что не они воспользовались падением Матвеева. Молодой государь был под сильным влиянием своих личных любимцев и друзей (придворных Ив. Макс. Языкова и Алексея Тим. Лихачева). Эти молодые и по-новому образованные люди получили главное значение при слабом и молодом государе.
Таким образом, рядом с двумя враждовавшими придворными кругами царской родни, Милославских и Нарышкиных, возник еще третий кружок — боярский. Все короткое царствование Федора Алексеевича было наполнено борьбою и взаимными интригами этих кружков; после же смерти Федора эта борьба породила и открытую смуту.
Из государственных дел при царе Федоре Алексеевиче особенную важность имел мир (точнее — перемирие на 20 лет) с турками, которые вмешались в малороссийские дела еще в царствование Алексея Михайловича (§ 95).
Вследствие обращения гетмана Дорошенка к султану турки предъявили свои права на Правобережную Украину и пытались занять столицу правобережных гетманов г. Чигирин. Московские воеводы уступили им Чигирин лишь после упорной обороны. Так как долгая война за Украину и постоянные набеги татар и турок совсем разорили правый берег Днепра, то правобережное казачество стало уходить оттуда и массами переселялось на восток, на левую сторону Днепра, в область Сев. Донца (Слободская Украина).
Московское правительство не дорожило поэтому опустошенными правобережными областями и легко уступило их (кроме Киева) султану по договору, заключенному в 1681 г. (в Бахчисарае). Так, наконец, завершилась для Московского государства борьба за Малороссию, тянувшаяся более двадцати лет.
Во внутреннем управлении при царе Федоре Алексеевиче заметно было господство новых культурных понятий и влияние на дела просвещенных людей, как московских, так и выезжих (греков и малороссов). Распространялись новые обычаи; усиливалась мода на польско-литовские костюмы и книги; задуманы были многие реформы.
Между прочим, задумана была и учреждена Славяно-греко-латинская академия — высшее богословское училище, в котором могли обучаться люди всех сословий. Академия не только служила для образования учащихся, но должна была стать оплотом православия и блюсти чистоту веры в Московском государстве. Первыми ее преподавателями были выписанные с востока греки (братья Лихуды).