Большие и тяжелые ополчения москвичей, не приспособленные для степных походов, в первый раз даже не дошли до Крыма, а во второй раз дошли до Перекопского перешейка, но не могли долго держаться в голой степи и без всякого результата повернули назад, не победив татар, скрывшихся за Перекопью. Неудача этих крымских походов подала удобный повод к ропоту и обвинениям со стороны противников Софьи и Голицына. Как раз в 1689 г. младшему из царей, Петру, исполнилось 17 лет: он пришел «в возраст», стал совершеннолетним и мог уже сам с братом Иваном править государством.
Поэтому неудача с Крымом и неудовольствие в Москве должны были особенно страшить Софью и грозили ей близким переворотом. Опасаясь этого переворота, Софья делала попытки из временной «правительницы» обратиться в постоянную «самодержицу», соправительницу царей.
После казни князя Хованского в 1682 г. Милославские поставили во главе Стрелецкого приказа начальником всех стрельцов думного дьяка Федора Шакловитого.
Человек крутой, решительный и ловкий, Шакловитый держал стрельцов в полном повиновении. Полагаясь на Шакловитого, Софья и думала повести дело так, чтобы стрельцы подали ей челобитье — не оставлять правления, венчаться царским венцом и стать самодержицею. Однако старания Шакловитого и его агентов не имели успеха среди стрельцов. Дело это разгласилось, и противная Софье сторона царя Петра тогда решила действовать.
Летом 1689 г. начались открытые ссоры у царицы Натальи и царя Петра с Софьею и закипела между ними острая вражда. Софья опасалась прямого нападения на себя Петра с его «озорниками», потешными «конюхами», и потому держала вокруг себя в Москве усиленные караулы стрельцов. Уступить Петру и отказаться от правления она и не думала. Петр также боялся покушения на себя стрельцов. Еще более, чем сам Петр, опасалась за сына царица Наталья со своими родными.
Когда в августе 1689 г. в Преображенском ночью получено было известие, что в Москве на улицах собраны сильные отряды стрельцов, приближенные разбудили Петра и страшно напугали царя криком, что стрельцы идут его убить. Петр раздетый ускакал в ближайшую рощу, там оделся и помчался оттуда в Троице-Сергиев монастырь, куда приехал чуть живой от усталости и волнения.
