Однако это мало повлияло на сейм: сейм не оставил своей нетерпимости. Тогда князь Репнин прибег к прямому воздействию силой. Русские войска были введены в Варшаву, и Репнин потребовал от короля ареста католических вожаков сейма. Эти вожаки были схвачены и увезены в Россию (в их числе были два католических епископа). Сейм сдался и уступил. Особым законом (1767) было поставлено, что диссидентская шляхта уравнивается с католической во всех правах, но католичество остается господствующим исповеданием и король может быть избран только из католиков.
То была очень крупная реформа. Ее исполнение было обеспечено в 1768 г. особым трактатом Речи Посполитой с Россией, по которому императрица Екатерина обещала в будущем охранять без всяких изменений государственный строй Польши и Литвы. Это обещание императрицы устанавливало как бы протекторат России над Речью Посполитой: Россия получала право надзора над внутренней жизнью соседнего государства.
Таким образом, императрица Екатерина совершила целый переворот в политических и религиозных отношениях польско-литовского общества.
Нельзя было думать, чтобы народ-шляхта мог легко примириться с насильственным воздействием на сейм и короля. Действительно, в Польше образовался ряд конфедераций (с центром в городе Баре) «за веру и свободу», то есть в защиту умаленных прав католической церкви и сейма и против покровительства России. В борьбе за свои права «барские» конфедераты не щадили православного народа и вызвали против себя «колиивщину» — восстание так называемых «гайдамаков».
(Прозвище гайдамаков носили тогда бродячие разбойничьи дружины крестьян, «казаковавших» в Правобережной Украине, по примеру казаков XVI–XVII ст.) Гайдамаки, как и шляхта, встали за свою «веру и свободу» и с необыкновенной жестокостью начали громить ксендзов, шляхту и евреев, уничтожая целые города (г. Умань был поголовно вырезан гайдамаками под начальством казаков Железняка и Гонты). В Польше началась ужасающая смута (1768). Король не имел средств ни на то, чтобы защитить себя и закон от конфедератов, ни на то, чтобы подавить колиивщину.
Он просил Екатерину прислать свои войска для водворения порядка. В силу договора 1768 г. Екатерина послала в Польшу военные силы.
Русские войска скоро усмирили гайдамаков, но долго не могли справиться с конфедератами. Отряды конфедератов бродили с места на место, занимались грабежом, но не принимали сражений с регулярными войсками, а просто убегали от них.