Южнее города части 5-го армейского корпуса немцев навели переправу где-то между Алитусом и Меркине, а подразделения 20-й танковой дивизии захватили плацдарм и навели переправу севернее города. И хотя атаку пехоты с юга вечером 23 июня дивизия Фёдорова, по итогам 1940 года считавшаяся лучшей танковой дивизией РККА, отразила достаточно легко, то уже во второй половине дня 24 июня её атаковали уже с трёх сторон. Даже с учётом присоединившегося к дивизии 5-го стрелкового полка 128-й.
Очень быстро стала ощущаться нехватка боеприпасов и горючего.
Часто терялась связь между подразделениями, которую постоянно приходилось восстанавливать. От атак пехоты с юга буквально на полдня прикрыл подоспевший 294-й стрелковый полк 184-й стрелковой дивизии, но от южного моста и с севера немцы атаковали непрерывно. Сформированный из бывших солдат литовской армии полк (как и весь 29-й стрелковый корпус, куда он входил в составе своей дивизии), сдерживал немецкую пехоту буквально несколько часов, после чего началось массовое дезертирство и сдача в плен, так что левый фланг дивизии полковника Фёдорова, по сути, остался без прикрытия.
К концу дня потери 5-й танковой дивизии составили 20 Т-28, 36 БТ-7. Из 44 тридцатьчетверок было потеряно 32 машины. Но самое обидное, что значительную часть новейших Т-34 потеряли из-за поломок, вызванных неопытностью экипажей.
Средний танк Т-34 ранних выпусков
Немцам тоже сильно досталось. За три дня боёв танкисты полковника Фёдорова подбили не менее 80 немецких танков и уничтожили до полутора полков пехоты.
Но обороняться уже не было ни сил, ни возможностей, и комдив принял решение с наступлением темноты отступить в сторону Вильнюса. Ведь канонада, ещё днём в редкие минуты затишья доносившаяся с юго-востока, уже затихла. Ночью остатки дивизии никто не преследовал.
По предположениям командира 5-й танковой дивизии причиной этой канонады могли быть оборонительные бои 184-й стрелковой дивизии. Но он не знал, что немцы, переправившиеся между Алитусом и Меркине, получили приказ выбить «неизвестное подвижное соединение русских» из городка, под которым ещё два дня назад затормозилось продвижение 57-го механизированного корпуса.
А именно — третий батальон 339-го гвардейского мотострелкового полка 120-й гвардейской дивизии из 1981 года, поддержанный десятью танками танкового батальона того же полка.
Зная о том, что 5-й армейский корпус будет наступать севернее, комбат капитан Николай Игнатьев выслал боевое охранение и на север от Меркине.
