Он был заточен вместе с супругой в замок Грипсхольм, а над его соратниками Эрик XIV учинил в 1563 году кровавую расправу. В заточении Юхан томился четыре года, все время находясь под угрозой смерти и опасаясь стать жертвой своего подозрительного брата.
Подозрительность — наследственная черта всех членов семьи Ваза — у Эрика XIV превратилась в настоящую манию преследования, и старые конфликты между королевской властью и аристократией в его царствование превратились в кровавую драму. При нем, специально для защиты интересов центральной власти, был создан высший королевский суд, который беспощадно действовал против всех, кого король считал недостаточно надежным.
Давно уже тревожили Эрика XIV влияние и заслуги семьи Стуре — одной из благороднейших в Швеции. После поражения на реке Свартераа король приказал Нильсу Стуре разрушить в Вестготланде дома чиновников, которых он подозревал в тайных сношениях с неприятелем. По мнению Н. Стуре, приказ короля был несправедлив, и он не исполнил его.
В наказание Эрик XIV повелел посадить его на старую, худую клячу и в таком виде провезти по улицам Стокгольма. Впоследствии король старался загладить это оскорбление, осыпал Н. Стуре почестями и поручил ему посольство в Лотарингию, но окончательно вражда не исчезла.
Подобные действия вызывали жгучую ненависть у многих аристократов, и Эрик XIV находился в постоянном страхе, ожидая мести со стороны обиженных им дворян. По ложным обвинениям в заговоре Н.
Стуре и все члены его древнего рода весной 1567 года были брошены в тюрьму, хотя неизвестно — существовал ли такой заговор на самом деле. В тюрьму пришел король и стал упрекать Н. Стуре в мнимых умыслах, а потом вонзил в его грудь кинжал, который тот извлек из раны, поцеловал и возвратил королю. Ничуть не тронутый величием этого поступка, король приказал немедленно казнить других заключенных.
После убийства Стуре у короля не было ни одной спокойной минуты: с расстроенным рассудком скитался он в лесу без еды и одежды, и только спустя какое-то время его удалось завлечь в столицу.
Со временем он вновь обрел душевное спокойствие и даже ясно осознал свое заболевание. Король примирился с дворянством, но возникшую вражду уже трудно было искоренить. Она еще больше усилилась, когда Эрик XIV узаконил свою многолетнюю связь с Катрин Монс — дочерью простого крестьянина, от которой у него родились сын и дочь.
