В одном из них он писал, что „не ропщет, что жизнь, которую ему должно было сохранить среди столь многих опасностей, предоставлена ему для бедствия и поругания“, что брат его, хотя сам много пострадал во время своего заключения, хочет теперь воздать злом за зло… В другом письме король жаловался, что „единственный служитель его, врач Бенгт, а равно и повар его, у него отняты“, отчего он с женою и детьми должен терпеть голод и бедствие…
В своих письмах Эрик XIV никогда не называл брата Юхана королем, присваивая ему только титул наследного принца и государственного правителя.
В письме к невестке просил ее ходатайствовать о них перед супругом и притом не забывать, сколь непостоянно счастье и как часто короны сменяются на узы. Однако все эти послания не изменили участи Эрика XIV, и в середине января 1569 года государственные чиновники начали решать дело о положении несчастного короля. Его привели в замковую церковь и предъявили обвинения: он поступал против государства как ужасный неприятель и тиран; восставал уже против своего отца и его огорчал, но по ходатайству брата его, герцога Юхана, остался наследником престола, однако же потом не соблюдал ни присяги, ни обетов, ни письменных обязательств; братьям своим и другим, коих ненавидел, расставлял бесчисленные сети, чтобы с ними войти в споры; посягал на имения, честь и жизнь безвинных людей; убивал и собственной рукой проливал кровь безвинную; нарушал шведские законы — „наряжал собственные свои суды, кои по воле его… чинили приговоры; поощрял тайных доносчиков; брата своего и супругу его содержал около пяти лет под стражей незаконным образом; попрал стопами не только завещание своего отца, но также герцогские и рыцарские привилегии; старался истребить дворянство… величество свое унизил постыдной женитьбой; с россиянами заключил нехристианский союз — словом, ни о чем другом и не помышлял, как только о вреде для своих подданных…“
Эрик XIV сам выступал в свою защиту, всю вину возложив на дворянство.
На суде не приняли во внимание, что порой король был не в своем рассудке, а также и то, что сами чиновники прежде одобряли его в тех пунктах, в которых сейчас обвиняли. Короля посадили в мрачную темницу, где он днем и ночью сносил голод и холод, смрад и беспокойство, оскорбления и ругательства. Один из стражников даже прострелил ему руку и, не перевязав, надолго оставил его лежать в крови.
