Рисалю отвели помещение в доме командира небольшого военного отряда, стоявшего на острове, но во время своего изгнания поэт пользовался относительной свободой. За четыре года ссылки он не написал ни одного крупного произведения и все свое время посвятил этнографическим исследованиям: изучал обычаи и самобытную культуру местного народа, обучал население грамоте и лечил его… Свои личные потребности X. Рисаль ограничил до минимума, а весь свой медицинский гонорар отдавал на нужды Дапитана: на средства поэта в городке были проведены водопровод и уличное освещение.
Несмотря на строгий контроль за перепиской и посетителями, до X. Рисаля доходили слухи о готовящемся в народе взрыве, неизбежность которого он уже давно предчувствовал. В ""Филиппинской Лиге"" после его ссылки отчетливо наметились два лагеря: буржуазных членов организации охватили страх и растерянность, реформаторы колебались и старались ограничить все действия сбором средств на нужды своего союза и на издание газеты. Противоречия возрастали день ото дня, и в 1893 году ""Филиппинская Лига"" была распущена, а вместо нее создана организация широких народных масс ""Катипунан"".
X. Рисаль, изолированный в Дипутане, тем не менее, продолжал владеть умами соотечественников. Но в начале ноября 1896 года тяжелые решетки форта Сантьяго закрылись за ним во второй раз.
Под строжайшей охраной X. Рисаля препроводили в ту самую камеру, где он находился в 1892 году. Связь поэта с внешним миром была полностью прервана, на первых порах даже родственникам не разрешали видеться с ним.
Однако колониальные власти понимали, что перед лицом всего мира X. Рисаля нельзя казнить без суда и улик — все равно каких, пусть даже и вымышленных. Правительственные агенты пытались выудить у знакомых поэта признания, что тот является членом ""Катипунана"" и участвовал в подготовке восстания. Долгие дни подвергался изощренным пыткам Пасьяно — брат X. Рисаля. Пальцы его левой руки зажимали в тиски, а в правую руку вкладывали перо, чтобы он подписал лжесвидетельство.
Несколько раз Пасьяно терял сознание от нечеловеческой боли, но палачи не смогли вырвать у него ни одного признания и выпустили его только после того, как довели почти до полного сумасшествия. Другие филиппинские патриоты тоже мужественно перенесли все допросы и пытки, так что даже испытанным следователям ничего не удалось добиться от них. Не получив ни одной улики, которая бы доказывала участие X.
