Спустя четыре дня в рапорте в Военную коллегию они уже иначе оценивали боевые способности пугачёвцев, подчёркивали их фанатизм. Тем не менее поражение стоило генералу Кару суда и разжалования. Так бесславно завершилась первая карательная экспедиция против восставших.
После этого успеха Пугачёв приступил уже к серьёзной организации увеличившегося войска. Сохранившиеся документы из лагеря повстанцев свидетельствуют о настойчивом желании утвердить боевую дисциплину и гражданский порядок на контролируемых местностях.
Армия делилась на полки, которые иногда назывались отрядами, разной численности — от трёхсот до двух тысяч человек. Если полк состоял из представителей разных национальностей, то разделение происходило по сотням (татарская, марийская, башкирская, казацкая и др.) Большое значение придавалось подбору командиров, при их выдвижении в обязательном порядке учитывалось общее мнение о кандидате. Полки имели знаки отличия и походные знамёна из красной, жёлтой и чёрной материи.
По подсчётам учёных, командный состав армии — полковники, сотники — достигал порядка двухсот человек: казаками являлись 52, крепостными крестьянами — 38, заводскими людьми — 35, среди них также были и татары, и башкиры, и калмыки, и казахи.
Функции главного штаба выполняла возглавляемая Пугачёвым военная коллегия, включавшая четырёх членов-судей в лице М. Шигаева, А. Витошнова, Д. Скабычкина, И. Творогова, секретаря — М. Горшкова, думного дьяка И. Почиталина. В работе коллегии постоянное участие принимали К.
Арасланов, И. Бахмутов, С. Сеитов, М. Алиев, Ф. Дербетев, выступая переводчиками и советниками. Военная коллегия работала на постоянной основе, решая разнообразные вопросы вооружения, снабжения, выдачи охранных грамот и т. д. Причём случаи грабежа повстанцами местного населения жёстко пресекались. К примеру, по решению коллегии за разбой был повешен полковник Д. Лысов: высокая должность и близость к Пугачёву не спасли его от сурового наказания.
После разгрома группировки Кара — Фреймана занятые восставшими территории существенно расширились.
В орбиту движения вовлекаются Южный и Средний Урал, где располагались многочисленные горные заводы. К весне 1774 года пугачёвцы хозяйничали на трёх четвертях горнозаводской промышленности региона. На этих предприятиях, будь то частное или казённое, подвергалось реквизиции имущество: деньги, пушки, ядра, порох отправлялись в ряды народной армии, использовались повстанческими отрядами на местах.
