Епархию возглавляет епархиальный архиерей в епископской степени священства; наиболее существенной разницей в этой степени было то, что митрополиты возглавляли более важные, в том числе столичные, епархии. Архиерей осуществлял в епархии всю полноту духовной и религиозно-судебной власти. Его помощником и заместителем был викарий, викарный епископ. При архиерее находился архиерейский дом – свита, хозяйство и жилище архиерея, принадлежавшие, однако, не ему лично, а епархии; хозяйством управлял эконом, а свита состояла из духовника, ризничего, келейника, крестовых монахов, певчих и личного секретаря.
Однако Петр I, превративший священство в чиновников Духовного ведомства, поставил архипастырей и все духовенство под контроль чиновников. Формально главой Русской православной церкви был сам император, но управлял ею Святейший Всероссийский Правительствующий синод, присутствие которого состояло из высших иерархов церкви, постоянных и переменных, назначавшихся императором, но все служащие были обычными чиновниками; во главе Синода стоял обер-прокурор из светских лиц, также назначавшийся монархом.
Наконец, архиереи тоже утверждались государем, то есть епископат был послушным орудием высшей светской власти. На местах контроль за ним принадлежал епархиальным духовным консисториям из чиновников, вплоть до того, что при перемещении архиерея в новую епархию консистория производила ревизию хозяйства и выдавала разрешение иерарху на отъезд.
Консистория производила суд над духовенством и выдавала документы мирянам.
Епархия с 1744 г. делилась на благочиния, включавшие 10–15 приходов – совокупности причта и прихожан данного приходского храма. Она находилась под управлением благочинного, обычно в сане протоиерея, назначавшегося архиереем из кандидатов, предложенных консисторией.
Отец благочинный надзирал за благочестием и нравственностью духовенства, приходским хозяйством, приводил в исполнение распоряжения епархиального начальства, разбирал споры и жалобы духовенства (или на духовенство) и обладал некоторой дисциплинарной властью. С 1797 г. были благочиния и над монастырями.
